Der Kreisverband Harz von BÜNDNIS 90/DIE GRÜNEN ist unterteilt in drei Regionalgruppen:
Die Regionalgruppe Halberstadt umfasst den Wirkungsbereich der Städte und Gemeinden im ehemaligen Landkreis Halberstadt. Dies sind die Einheitsgemeinden Stadt Halberstadt, Stadt Osterwieck und Huy sowie die Verbandsgemeinde Vorharz.
Zur Regionalgruppe Quedlinburg von Bündnis 90/Die Grünen im Kreisverband Harz gehören die Gemeinden Quedlinburg, Thale, Falkenstein/Harz, Harzgerode und Ballenstedt mit den jeweils zugehörigen Orten.
Zur Regionalgruppe Wernigerode von Bündnis 90/Die Grünen im Kreisverband gehören die neuen Gemeinden Wernigerode, Blankenburg, Nordharz, Oberharz am Brocken und Ilsenburg.